咸豐六年（1856年），吳棠因父親去世回鄉(xiāng)守孝。恰逢太平天國攻打滁州，他便“在籍辦練”（團(tuán)練）。事后在滁州及附近各縣百姓中留下聲名。
一、保衛(wèi)滁州 激戰(zhàn)沙河集
咸豐八年（1858年）四月，吳棠會(huì)各練勇于張八嶺，準(zhǔn)備進(jìn)攻沙河集。當(dāng)時(shí)，“無械無餉之孤軍，徒以忠義激勵(lì)鄉(xiāng)團(tuán)殺賊”。初八日，清河軍士張一鵬、文漢升率領(lǐng)的練丁數(shù)千，按察使張光弟增派的水勇三百名，在吳棠的率領(lǐng)下，與太平軍李秀成部戰(zhàn)于滁州北門外。“張一鵬、文漢升、李貫、馬芝等奮勇殺敵，雙方均傷亡數(shù)百人。吳棠見練勇傷亡嚴(yán)重，“屢欲以身殉，吳炳祺率眾奮勇爭前，擁之騎奪路乃免。”這是場惡戰(zhàn)，事過二十四年，光緒八年（1882年），已是揚(yáng)州知府的吳炳仁（吳棠侄）仍記憶猶新，曾寫詩一首：
此地曾經(jīng)作戰(zhàn)場，驅(qū)車重過易神傷。
酸心舊部留荒塚，表義豐碑倚夕陽。
——《過黃泥崗》
詩中所說的表義豐碑，是指同治四年（1865年）吳棠在滁州所建的忠義祠。咸豐皇帝光緒《滁州志》收錄了吳棠“因?yàn)I而為之記銘”的《滁州新建忠義祠碑銘》，該銘記述了沙河集之戰(zhàn)的慘烈，“既悲相從患難之無人，又感吾鄉(xiāng)風(fēng)俗好義，能殺賊以衛(wèi)鄉(xiāng)里，凜凜乎有生氣焉”。光緒《滁州志》還收錄了同治三年（1864年）十月十四日吳棠給朝廷的奏折，要求給死難者表旌撫恤。“十月二十六日準(zhǔn)，兵部火票遞回原片”，“議政王軍機(jī)大臣奉旨：文漢升等均著交部，照千總陣亡例，從優(yōu)議恤。欽此。”
二、解救滁州 驅(qū)逐李兆壽
李兆壽又叫李昭壽，原是太平天國的一個(gè)將領(lǐng)（一說是捻軍的將領(lǐng)）。咸豐八年（1858年）五月初一，他帶領(lǐng)二千人由金陵渡江進(jìn)駐滁州城。不久，他在清流關(guān)投降了清軍將領(lǐng)勝保。勝保奏請朝廷，賞給他花翎三品銜，所部改編為豫勝營，賜名李世忠。李世忠抓鄉(xiāng)民增挖兩道護(hù)城溝，晝夜催逼，非打即罵，又“縱兵四掠鄉(xiāng)民糧食，村舍全燒，嚴(yán)冬之際，無食無居，民皆凍餓以死，盱、定、滁、來四界之內(nèi)，白骨遍地，蒿萊成林，絕無人煙者四載有余。”（光緒《滁州志》）瑯琊寺、醉翁亭、州衙都被燒毀。吳棠“慨念故鄉(xiāng)久為灰燼，凋敝已極”。遂“密陳皖北隱患、淮北鹽務(wù)疲敝悉由李世忠盤剝把持，其勇隊(duì)在懷壽一方盤踞六年，焚掠甚于盜賊，苗（苗沛霖）平而淮北粗安，李存而淮南仍困，請?jiān)鐬橹?jì)。”（《清史稿》吳棠傳）朝廷采納了吳棠的意見，詔會(huì)僧格林沁等籌辦，設(shè)法革除。迫使李世忠于同治三年（1864年）四月，將所部豫勝營遣散，退出滁州。
三、安定滁州 關(guān)心民生疾苦
吳棠派侄子吳炳麒帶兵馳往滁州駐防。為防止李世忠部在退出滁州時(shí)騷擾市民，叔侄倆周密策劃，封閉東、西、北三面城門，只允許該軍從南門撤出。至?xí)r，城內(nèi)秩序井然，避免了象其他地區(qū)亂軍退出時(shí)的紛亂。吳棠并嚴(yán)令士兵：“雖一草一木勿擾吾鄉(xiāng)，能衛(wèi)鄉(xiāng)里即所以報(bào)國家也。” （汪雨相《嘉山縣志》）從此，滁州結(jié)束了戰(zhàn)亂，各界人士紛紛回歸，恢復(fù)了戰(zhàn)亂前的安定。
當(dāng)年十二月，吳棠會(huì)同曾國藩合詞具奏，向清廷呈交了《豁免皖南錢漕折》，請求豁免鳳陽、滁州、全椒、來安、盱眙、天長、定遠(yuǎn)、五河等三十余州縣自咸豐十年（1860年）以來歷年積欠的錢糧雜稅，奏請獲準(zhǔn)，給戰(zhàn)亂后的滁州人民休生養(yǎng)息提供了物質(zhì)條件。
吳棠又捐銀四百七十兩，在滁購置房屋數(shù)十間，作為教育所用。后薛時(shí)雨重建醉翁亭、重修豐樂亭，吳棠也是倡議、捐助者之一。薛時(shí)雨在《重建醉翁亭記碑》中曾提及此事。
